在微生物实验室, 必须达到一定程度的无菌状态, 避免微生物污染。 假如在一个不洁的实验室或者早先打翻过样品的地方做微生物实验, 引入新的微生物污染样品的几率是很大的。
微生物的实验可以分为两大部分：前期准备和样品检验。
事实上，保持整个实验室清洁是非常重要的， 这样就不用在灭菌前担心太多了， 然而， 灭菌后必须保证样品或者培养基免受污染。其实， 可以把灭菌想像成”一扇门”， 在培养基中或者一些设备比如吸管的微生物都在灭菌过程中被杀死了，没有微生物困扰实验了。必须保证灭菌后的环境(门后的部分)的洁净， 杜绝灭菌后的培养基和设备受到污染。
无菌过程应该注意的点：
一旦培养基或者器皿经过灭菌过程，这种灭菌状态应保持直到实验结束。
最好能把培养基准备区域（门外）和实验区域（门内）之间应该设有缓冲间。
工作前必须消毒，可以用70%的酒精，也可以用含氯的消毒剂。
不管使用何种消毒剂，需要提供充分的消毒时间来杀灭微生物，一般5-10分钟，可以用纸巾擦干表面。
必须有2个光源：普通照明用和杀菌紫外光。紫外灯用于保持工作台面免于微生物污染，在使用前仍然需要使用消毒剂清洁。
应该有好习惯把工作桌面的物品摆放好，，把移动放到最低限度，避免带来污染。
如果使用薄膜过滤法，需要准备一个小烧杯并有少量酒精，镊子不用时就放在杯子里。培养基使用前，应该有相关日期，比如配置日期，或者实验室收到日期（直接使用的培养基）。假如没有所需日期，这个培养基不能使用。
穿着干净的实验服，袖子应卷起至肘部以避免碰到培养基或样品带来污染，当然。做实验前要洗手。
微生物实验室布局的时候应该注意：
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一个设计合理的实验室能提供一个合格的环境以支持实验能够安全有效地进行。首先，需要为实验室选择一个合适的物理位置：
远离其他操作区域，比如，生产或者储运；没有从其他区域进入实验室的直接入口；实验室必须是微生物实验专用；应有专门微生物检测无菌间，并通过缓冲间与准备间等进行区隔。
